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作为一名将领，吴伟超与足球的渊源离不开他的父亲、前国脚吴智英。吴伟超曾在接受媒体采访时表示：父亲的指导对我来说非常重要，尤其是在我告诉他我想成为一名职业选手之后，他对我的帮助非常大。他有在国家队和广东队踢球的经验，能给我很好的建议和指导，让我少走很多弯路。并不是每个球员都有一个踢足球的父亲。可以说，我的父亲是我最好的足球教练。
作为一名球员，吴伟超有着非凡的身体素质。作为场上的后卫香港球队加入中超，他防守勇敢，作风稳健，跟踪能力出色，阅读比赛的能力很强，拦截意识非常好香港球队加入中超，还有远距离投篮的能力。
2001年底，效力香港联赛的吴伟超来到昆明海埂基地随广州队试训。当时，广州队主教练周穗指导表现出色的吴伟超留下来，一直效力于AB队广州香雪队。发挥并成为球队防守的中坚力量。 2004年香港球队加入中超，吴伟超跟随恩师周穗安加盟中甲球队南京优优，并迅速成为球队的后防核心。
2005年初，吴伟超再次租借来到中超球队上海中邦，成为第一位征战中超的香港球员，与前国足队长范志毅搭档出任中后卫。
由于在联赛中的稳定表现，他逐渐成为上海中国队的后防核心，并在赛季后半程被委以队长重任。此外，他的香港球员身份也让他无法占用中国足协的转会名额。实力和经济优势逐渐让吴伟超进入申花俱乐部高层。
尽管当时申花已经拥有了“强大”的组合，但吴伟超仍然凭借个人能力在队内获得了稳定的出场机会。在申花队效力三个赛季后，吴伟超一度成为申花队的主力中卫。 2008赛季结束后，与申花合同到期的吴伟超投奔恩师吴金贵的指导，加盟杭州绿城。 2010赛季上半程，吴伟超依然是绿城队的主力中卫。但由于赛季后半段的伤病，他逐渐淡出了主力阵容。之后，吴伟超返回香港，加盟南华队。
吴伟超身披申花球衣
吴伟超与队友庆祝进球
在南华队效力两个赛季后，天津松江队联系了他。经过双方富有成效的谈判，吴伟超最终决定本赛季加盟松江，并与球队签订了为期两年的合同。效力松江队两年后，中后卫吴伟超成为队内出场率最高的球员之一。松江队的防守也在他的配合和组织下变得更加稳定。
退役后，吴伟超选择报名参加教练培训课程。吴伟超担任前队友孙吉创办的上海冠博体育俱乐部的技术总监，并担任U17梯队的主教练，三年内取得了出色的成绩。
致力于青训的吴伟超
吴伟超 南通支云队助理教练
如今，吴伟超担任中甲球队南通支云队的助理教练。他期待着未来吴伟超能够独立执教一支职业球队的那一天。加油，吴伟超。